深田遺跡は周辺に国分僧寺、国分尼寺などがあり、延暦23年（804）に気多郡高田郷に移したと『日本書紀』に記されている但馬国府跡推定地の一つと考えられています。
木簡では、紀年銘をもつものが多く、但馬国府が高田郷に遷された時期に近いものから10世紀末までにもおよび、この遺跡が機能した時期がわかるものです。また、墨書土器でも「但馬」や「国当」は硯の存在と合わせて、この遺跡が国府に関係することを示すものと考えられます。
これらの遺物は当遺跡の性格を明らかにするだけでなく、但馬国の平安時代を考える上で大変貴重な資料です。