当館では兵庫県内で国・県等がおこなう開発事業に伴う埋蔵文化財保護にかかる調整業務をおこなっています。なお埋蔵文化財以外の文化財にかかる事務は県教育委員会文化財課が、記録保存に伴う発掘調査や出土品整理は（公財）兵庫県まちづくり技術センターが実施しています。